第十六部:《第11個前鋒》(2012)
毛利偵探事務所接到了爆炸預告電話。小五郎懷疑這是惡作劇,但緊接著停在事務所前路上的車爆炸了。犯人在留下了神秘暗號并威脅說:“如果找不到炸彈的話,將會有更多的人犧牲。”那個時候,在東都體育場觀看J聯賽比賽的柯南,因為小蘭打來的電話開始針對聽到的爆炸預告進行暗號解讀。在時間逼近的時候,柯南能平安找到炸彈嗎?
第十七部:《絕海的偵探》(2013)
“緊急接近!有一艘裝載爆炸物可能性很高的船只……”在晨霧彌漫的京都舞鶴灣發現的一艘可疑船只。那艘船上殘存的數據和零件,確認是日本所沒有的東西。那個消息讓日本全國都緊張起來。同日,參加宙斯盾艦的體驗航海的柯南、小蘭、小五郎以及少年偵探團一行人參觀了海上自衛隊員充滿能量的的對空戰斗訓練。可是突然,受到了神秘敵人的襲擊,訓練變成了瘋狂的現實!小蘭和少年偵探團因不安而害怕。通過隊員們的冷靜應對事態得以平定,不過,并不清楚敵方的目標。就在這時,在艦內發現了自衛隊員的左臂!手腕上有個停在上午5:30的手表……面對這種異常事態,乘直升機緊急趕來的京都府警、大阪府警也團結一致開始調查。在那里,出現了原本沒有乘上宙斯盾艦的神秘女性自衛官——藤井七海的身影……柯南利用犯人追蹤眼鏡和新偵探道具——衛星電話手表,同灰原和阿笠博士,以及在大阪的平次與和葉等人開始合作調查。隨后終于知道某國的間諜X乘上了艦!間諜X究竟是誰?和自衛隊員的左臂、神秘女性自衛官的關系是?在這艘宙斯盾艦上發生的案件,不過是席卷日本全境的恐怖陰謀的開始!間諜的利刃對準了平次以及小蘭!“絕對會找得到的吧……畢竟新一是個名偵探啊。”互相許下的約定。應當守護的伙伴。
第十八部:《異次元的狙擊手》(2014)
能一覽東京街道的高635m的鈴木塔。在開幕儀式中,在展望臺的男性客人被外部狙擊而倒下。正好在場的柯南通過子彈的軌道中找出了狙擊點,但對狙擊的射程來說那是“不可能的距離”。和女高中生世良真純一起追逐狙擊手,只差一步卻讓對方逃走了。日后,FBI(美國聯邦調查局)和警視廳開始了聯合調查,浮出水面的是海軍特種部隊“海豹突擊隊”的存在。
第十九部:《業火的向日葵》(2015)
紐約的拍賣會場。以3億美元中標了在第二次世界大戰中消失的《蘆屋的向日葵》的梵高自我臨摹稿的鈴木次郎吉,收集了散落在世界各地的7張《向日葵》,準備召開前所未有規模的展覽會。但是,在記者會上出現了基德卡,混亂的會場上還出現了新一的身影!載有《向日葵》和園子等人的客機飛向日本,著陸前貨倉安裝的炸彈爆炸,機體起火。
第二十部:《純黑的噩夢》(2016)
某個漆黑之夜,日本警察內部遭間諜侵入。英國的MI6(軍情六處)、德國的BND(德國聯邦情報局)、美國的CIA(美國中央情報局)等各國情報機關,甚至FBI的機密數據都被竊取。千鈞一發之際,安室透率領公安警察及時趕到。間諜奪車而逃。安室與其在高速公路上進行了激烈追逐,就在其它車輛也將被牽連其中而釀成慘案的瞬間,間諜的車被FBI赤井秀一的步槍子彈擊中,從公路上墜下。第二天,柯南一行人到東都水族館游玩。剛剛翻新的水族館盛況空前。在其特色賣點巨大摩天輪之下,柯南發現了一名獨自站在那里的外表端莊秀麗的受傷女子。定睛一看,她左右眼虹膜的顏色是不同的,即俗稱的“雙色瞳”。可是,女子已是連自己的名字也不記得的失憶狀態,所帶的手機也已損壞。柯南等人商定幫助她找回記憶,就這樣與她一同行動。而這被貝爾摩德在暗中從頭至尾監視著。隨后貝爾摩德拿出了消音器,對著身上的通信器說道,“計劃很順利哦,琴酒。”