第七部:《迷宮的十字路》(2003)
東京、大阪、京都發生了5名男子相繼被殺的事件。5人是盯上古美術品的盜竊團“源氏螢”的成員,相互以義經和他的隨從的名字稱呼。剩下的是義經、弁慶、伊勢三郎三人。柯南和被委托解決其他佛像盜竊案的小五郎一起來到京都,遇到了追蹤源氏螢事件的服部平次,并開始了行動。但是,平次被弓狙擊了。犯人是源氏螢的成員嗎?兩個名偵探在京都的小鎮上疾馳!
第八部:《銀翼的魔術師》(2004)
舞臺劇女演員牧樹里收到了怪盜基德的預告信。基德的目標是,樹里在舞臺劇《約瑟芬》上使用的明星藍寶石戒指。被委托保護寶石的小五郎推理說基德會化身演員在舞臺公演中盜取。公演當天,中森警部等人也參加了,在戒備森嚴的狀態下舞臺的幕布拉開,而基德卻大膽地以新一的姿態出現在柯南的面前。然而,事件將進一步展開。
第九部:《水平線上的陰謀》(2005)
在園子的邀請下,柯南、小蘭和少年偵探團一行參加了在太平洋航行的豪華客船阿佛洛狄忒號的處女航。很多名人和政界人士也來乘坐這艘優雅的海上游輪,但正在捉迷藏的時候園子被人綁架、監禁了。憑借柯南的機智九死一生,這次在船上又發生了殺人事件。柯南注意到15年前發生的貨船第一八代丸的沉沒事故和半個月前發生的交通事故之間的關聯。
第十部:《偵探們的鎮魂歌》(2006)
收到神秘男子的委托,小五郎和柯南一行人來到橫濱。但卻中了那個男人的圈套,小蘭和少年偵探團被當作了人質。時間是12小時。如果不能解出這期間被委托的某個案件的真相,小蘭等人被安裝的炸彈就會爆炸。而且那個男人還知道柯南的真面目是工藤新一!“關西高中生偵探”服部平次和怪盜基德也登場了!刻不容緩的時限。柯南等人能解開事件的謎題,在時間內將小蘭等人平安救出嗎?而神秘的委托人,黑影的真面目是……
第十一部:《紺碧之棺》(2007)
被小五郎帶到漂浮在太平洋上的“神海島”度假的柯南一行人。該島自古以來就流傳著沉入大海的古代遺跡“海底宮殿”、300年前實際存在的女海賊“安妮·波尼”和“瑪麗·里德”留下的財寶傳說。蘭和園子在海底宮殿附近的海里享受潛水的樂趣,在那里兩人遇到了以寶物為目標的寶物獵人團隊。突然,一個獵人被鯊魚群襲擊。蘭和園子拼命逃跑,而被襲擊的獵人死亡。趕來的柯南發現獵人的死有可疑之處,和灰原一起開始調查。獵人是因海盜寶藏而被殺的嗎?柯南一邊尋找有著奇怪身影的寶物獵人,另一邊破解著被認為是事件動機的財寶傳說和作為案件現場的海底宮殿之謎。在推進調查的基礎上浮出水面的神秘語言“Jolly Roger”。在柯南接近解開傳說的過程中,被秘密包圍的獵人奪走了一部分發掘出來的財寶。獵人的魔手也逼近了蘭和園子。他們的目的到底是什么?傳說中隱藏的信息是什么?海底宮殿里隱藏的秘密是?柯南解開了超過300年時間的暗號!
第十二部:《戰栗的樂譜》(2008)
不久之前發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件,被害人均出身于原著名鋼琴家領銜創建的一所音樂學院。柯南等一行人,受到了這位鋼琴家的邀請,出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色,以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。可是,在音樂會正式舉辦前,陸續發生了許多可疑案件。而正式演出當天,柯南他們所在的音樂會會場突然發生了爆炸,陷入一片火海。